San Juan Nepomuceno se caracteriza por ser un pueblo de tierra fértil rodeados de montañas, rico en flora y fauna del bosque seco tropical, a nivel nacional se conoce como el pulmón verde de los Montes de María,  con un parque nacional de conservación de flor y fauna y más de 60 reservas naturales de la sociedad civil.  De acuerdo al diccionario Geográfico de Colombia, tomo IV, del instituto geográfico Agustín Codazzi, está a los 09° 57´24" de latitud norte y a los 75° 05´ 12"  de longitud oeste, limita al norte con Mahates, Calamar y el Guamo;  por el sur con San jacinto y zambrano; por el oriente con el departamento de la Magdalena,  a través del río Magdalena y por el occidente con María la baja.

Estos límites  presentan los siguientes puntos extremos naturales:  Con Mahates desde la loma del llanto, donde nacen los arroyos de la escoba y San Cristobon, (municipio de Mahates, Calamar y San juan) hasta el nacimiento del arroyo hondo; Con Calamar desde arroyo la Escoba, agua arriba desde su nacimiento en las lomas del llanto, hasta las lomas El desprecio, donde nace el arroyo colorado; hasta río Magdalena donde se encuentra el camino de San Agustín.

Con María la baja, desde la influencia del arroyo hondo con el arroyo el Tigre; hasta el nacimiento del arroyo cacao en el cerro Capiro; con San Jacinto, partiendo del cerro capir o; hasta arroyo el Uvito, en la desembocadura de la cañada el Mango. Y con Zambrano, partiendo de la desembocadura del arroyo EL uvito en el río Magdalena, frente a la isla de Zura; hasta la desembocadura de la cañada El Mango.

San Juan Nepomuceno está construido por el sector urbano y  6 corregimientos  que contienen en total 47 veredas rurales entre el casco urbano y sus corregimientos,  que son las siguientes:

San cayetano, San Jose del peñon, Corralito, San Agustin, la Haya, y San Pedro consolado, a continuación los corregimientos con sus veredas: 

• Corregimiento de San Cayetano: la playa, el Hobo, La pepa, Toro, Casinguí, prusia, piedra candela, Catón, Naranjal, El hatillo, la estrela, Puerta Roja, San Antonio, Aguas blancas, Pela el Ojo, Los peñones, Roble, La Paloma, Santa Rita y Songo.
• Corregimiento San Jose del peñon: Cañito, Cimarronera, Caño de vaca, La padilla, El Batei y Los andes.
• Corregimiento Corralito: El Bajo, Carolina, El contento, Los Guaimaros, y el tapón.
• Correguimiento San Agustin: La vitola y La Santa.
• Correguimiento La Haya: Pava, las Moscas, jobo, y la Mojarra.

El corrimiento de San pedro consolado no presenta vereda alguna, y existen otras veredas que pertenecen al casco urbano de San Juan Nepomuceno que son ; Botijuela, la Espantosa, El Mamón, El Olivo, La anchama, Los Cacao y Pintura.  En estas 47 veredas de San Juan Nepomuceno se cultivan los principales alimentos de la poblacion por comunidades campesinas.

Nota. Los datos para escribir este Articulo fueron tomados del libro San Juan un espacio en la historia de Luis Alberto Reyes Castellar, libro ganador del concurso de Historia local de bolivar 2003.